I pannelli espositivi della mostra presentano un itinerario cronologico con finestre essenziali su persone ed eventi.
In questa sezione sono invece collocati una serie di approfondimenti tematici su personaggi, questioni e dimensioni particolari del rapporto tra Chiesa e Università di Padova e sulle loro trasformazioni avvenute nel corso degli otto secoli di storia.
- Le origini di un rapporto
- I Vescovi Cancellieri
- I Collegi universitari
- Vita religiosa e Università
- Santità e Università
- Studi teologici e Università
- Carità, medicina e assistenza sanitaria
- San Gregorio Barbarigo
- Elena Lucrezia Cornér Piscopia
- Il Caso Galileo
- Il Novecento: dalla contrapposizione al dialogo